معاونت غذا و دارو وظیفه نظارت و اعلام مقررات مربوط به تأسیسات مراکز تولید، توزیع و نگهداری مواد دارویی، غذایی، آرایشی و بهداشتی، بررسی و تنظیم مدارک با توجه به ضوابط مربوط به تأسیس مراکز تولید و توزیع مواد دارویی و غذایی، آرایشی و بهداشتی و ارسال آن به واحدهای ذیربط در ستاد وزارتخانه جهت رسید گی را دارد. همچنین وظیفه طرح موضوع در کمیسیونهای قانونی، نظارت بر تولید کنندگان محصولات در مورد نحوه اجرای دقیق ضوابط و استانداردهای تعیین شده برای مواد افزودنی، کمکی و همچنین استعمال رنگهای مجاز و مواد بستهبندی، نظارت بر روش کار مؤسسات تولیدی و توزیع موارد دارویی، خوارزمی، آشامیدنی، آرایشی و بهداستی در سطح استان، نظارت بر اجرای ضوابط و مقررات در مورد آزمایشگاههای کنترل مواد غذایی دارویی و بهداشتی، نظارت بر امور دارویی داروخانههای استان، کنترل و ارزیابی فعالیتهای آزمایشگاههای دارویی و غذایی و بهداشتی در استان، بررسی موجود دارو با توجه به نیاز مصرف واحدهای درمانی، نظارت بر نحوه نگهداری داروهای خاص و مواد اعتیادآور، نظارت بر نحوه درخواست و موجودی دارو و اعمال نظارت فنی در مورد داروهای تاریخدار.