دانشكده پزشكی اصفهان ابتدا در روز 27 آذر ماه 1325 در خانه محقری واقع در احمدآباد شروع به كار كرد. در حقیقت در آن زمان آموزشگاه عالی بهداری در این خانه افتتاح گردید و دانشجویان بعد از چهار سال تحصیل موفق به اخذ درجه بهدار می‌شدند. پس از مدت كوتاهی آموزشگاه عالی بهداری به دبیرستان سعدی منتقل شد و آزمایشگاه‌های این دبیرستان مورد استفاده دانشجویان قرار گرفت این دبیرستان در حال حاضر محل شهربانی اصفهان است و در خیابان استانداری قرار دارد.
بعد از چهار سال دانشكده پزشكی در جوار آموزشگاه عالی بهداری تأسیس شد و دانشجویان پس از شش سال موفق به اخذ درجه دكترا می‌شدند. بدین ترتیب آموزشگاه عالی بهداری به تدریج تعطیل شد و دانشجویان آموزشگاه پس از مدتی برای ادامه تحصیل به دانشكده‌های مختلف كشور معرفی و موفق به دریافت درجه دكتری می‌گردیدند.
در سال 1341 ساختمان دانشكده در زمینه‌ای وسیعی در هزار جریب شروع گردید. قسمتی از ساختمان كه آماده شد دانشكده در این محل مستقر گردید. پس از آن دانشكده داروسازی و دانشكده ادبیات تشكیل گردید و به تدریج دانشكده پزشكی به صورت یك مجموعه دانشگاهی در آمد. دانشكده پزشكی در ابتدا با 9 نفر عضو هیأت‌علمی شروع به كار كرد و آموزش عملی دانشجویان در آزمایشگاه‌های دبیرستان سعدی و سپس آزمایشگاه‌های هزارجریب انجام می‌شد. كارآموزی بیمارستانی در بخش‌های بیمارستان خورشید و درمانگاه‌های آن زیر نظر دانشیارانی كه ریاست بخش‌های مربوطه را بر عهده داشتند، انجام می‌شد.
گروه فیزیولوژی
فیزیولوژی پزشكی به عنوان یكی از مهم‌ترین دروس علوم پایه پزشكی ( علم الابدان ) از دیرباز و از بدو تأسیس دانشكده پزشكی و داروسازی اصفهان مد نظر مسؤولین امر و توسط اساتید فن تدریس می‌شده است.
هدف گروه فیزیولوژی تربیت و آشنا نمودن دانشجویان رشته‌های مختلف دانشگاهی با علم و عمل اعضا، و ارگان‌های مختلف بدن نه تنها در حالت سلامت و طبیعی بلكه در حالات فیزیولوژی مرضی است. دانشجویان با گذراندن واحدهای مختلف فیزیولوژی و كسب اطلاعات و معلومات در دیگر رشته‌های علوم پایه پزشكی می‌توانند هسته اولیه و اصلی فراگیری علوم بالینی و كلینیكی را تشكیل داده و لذا به صورت اساسی و عمقی به تجزیه و تحلیل مكانیسم ایجاد بیماری‌ها و درمان آنها بپردازند.
در ابتدا به علت كمی تعداد عضو هیأت‌علمی در این رشته، " فیزیولوژی" نیز همچون سایر رشته‌های علوم پایه به طور عام و تحت عنوان آزمایشگاه فیزیولوژی و به صورت یكی از دروس زیر بنایی و پایه تدریس می‌شد تا آن كه برای اولین بار در سال 1327 دو رشته فیزیولوژی و بیولوژی بطور مشترك تشكیل گروه بیولوژی فیزیولوژی را داده و مدت نزدیك به دو سال در دانشكده علوم به فعالیت علمی مشغول بودند. هدف از ادغام این دو گروه تشكیل گروههای آموزشی لازم جهت تاسیس دانشكده علوم بود كه در این راستا از رشته اساسی و مهم فیزیولوژی كمك گرفته شد.
در سال 1350 با شكل گرفتن دانشكده علوم، فیزیولوژی و فارماكولوژی تحت عنوان یك گروه (گروه فیزیولوژی فارماكولوژی) در دانشكده پزشكی تشكیل و شروع به فعالیت كرد. از آنجا كه داوطلب خدمت و آموزش در گروههای پایه دانشكده پزشكی بسیار كم بود، لذا ضرورت ایجاب می‌كرد تا فیزیولوژی با رشته فارماكولوژی جمعا یكی از گروههای پایه دانشكده پزشكی را تشكیل دهند. در سال 1365 –1364 بعلت افزایش تعداد افراد كادر آموزشی فیزیولوژی از یك طرف و به حد نصاب رسیدن اعضای هیأت‌علمی فارماكولوژی از طرف دیگر، این دو رشته از یكدیگر جدا شده و هر كدام به تنهایی تشكیل یك گروه مستقل را داده و لذا گروه فیزیولوژی فرصت بیشتری را پیدا كرده تا به سازمان‌دهی و توسعه بیشتر خود بپردازد. از آن سال تا كنون گروه فیزیولوژی در بخش‌های مختلف تخصصی فعالیت علمی داشته و در دو دوره مختلف دستیاری و فوق لیسانس به آموزش و تربیت پزشكان جوان و كارشناسی ارشد فیزیولوژی پرداخته كه اساتید حال و آینده این دانشگاه و بسیاری از موسسات آموزش عالی دیگر كشور هستند.
گروه علوم تشریحی
گروه علوم تشریحی در اوایل سال 1370 از گروه كالبد و آسیب شناسی سابق كه شامل رشته‌های پاتولوژی، آناتومی و بافت‌شناسی و جنین‌شناسی بود از گروه آسیب‌شناسی جداشد و تحت عنوان علوم تشریحی گروه واحدی را تشكیل داد. در حال حاضر در گروه علوم تشریحی كه یكی از گروههای علوم پایه دانشكده پزشكی است، دروس آناتومی، بافت‌شناسی و جنین‌شناسی برای كلیه رشته‌های تحصیلی دانشگاه علوم پزشكی اصفهان از قبیل رشته پزشكی، داروسازی، علوم آزمایشگاهی، هوشبری، رادیولوژی، پرستاری، مامایی اطاق عمل، مدارك پزشكی و رشته‌های مختلف بهداشت تدریس می‌شود.
گروه میكروب و ویروس شناسی
در سال 1347 این گروه با عنوان گروه پاتوبیولوژی به مدیریت آقای دكتر كامبیز حاذقی شروع به كار نمود. ابتدا این گروه مسؤول تربیت تكنسین علوم آزمایشگاهی بود كه بعداً تبدیل به دوره لیسانس علوم آزمایشگاهی گردید و بعد از انقلاب فرهنگی دوره لیسانس تبدیل به دوره كاردانی گردید و در سال 1370 گروه پاتو بیولوژی به دو گروه مجزا تحت عنوان گروه میكروب، ویروس و ایمنی‌شناسی و گروه قارچ و انگل‌شناسی تقسیم گردید كه زیر نظر دانشكده پزشكی انجام وظیفه می‌كند.
گروه آسیب شناسی
گروه آسیب‌شناسی دانشگاه علوم پزشكی اصفهان در سال 1344 با مدیریت دكتر پرویز دبیری تأسیس گردید و سپس با گروه علوم تشریحی ادغام گردید و تحت عنوان گروه مرفوآناتومی برای سال‌ها در دانشگاه انجام وظیفه نموده است. در سال 1369 این گروه مجددا تفكیك گردید. در حال حاضر گروه آسیب‌شناسی به كارهای تشخیصی، آموزشی و تربیت متخصص پاتولوژی اشتغال دارد و در زمینه كارهای تشخیصی در سه مراكز پزشكی دیگر آزمایشگاه‌ها و مركز اتوپسی دایر كرده است. در بخش آموزشی این گروه به آموزش دانشجویان رشته‌های پزشكی، دندانپزشكی و . . . در بخش علوم پایه و همچنین تربیت دستیار پاتولوژی اشتغال دارد.
گروه عفونی و بیماریهای گرمسیری
گروه عفونی در سال 1343 با افتتاح ساختمان جدید كه دو بخش عفونی اطفال و بزرگسالان را شامل می‌گردد با 58 تخت و به هزینه شركت نفت در محل بیمارستان خورشید تأسیس و با گرفتن اولین گروه عملاً شروع به كار نمود. در سال 1351 ساختمان بخش عفونی با درخواست رییس وقت دانشگاه در اختیار گروه روانپزشكی قرار گرفت و تعداد 12 تخت از بخش داخلی در اختیار گروه عفونی قرار گرفت. در سال 1358 بخش عفونی در بیمارستان فیض به طور مستقل و با تعداد 25 تخت وظیفه آموزشی خود را ادامه داد.
در سال 1361 محل بخش عفونی به ساختمان جدید التأسیس بیمارستان امین كه به عنوان مركز پرستاری در نظر گرفته شده بود مربوط به بیماران عفونی بزرگسالان و كودكان و 15 تخت بعنوان بخش التور آزمایشگاه اختصاصی بكار آموزش دانشجویان پزشكی و داوطلبان تخصص رشته عفونی ادامه داده است.
گروه پوست
آموزش پوست در دانشكده پزشكی اصفهان از سال 1333 همراه با یك درمانگاه در بیمارستان خورشید آغاز به كار كرد و سپس توسعه یافت. در این مدت گذشته از آموزش، بیماران در بخش داخلی بستری می‌شدند که بعدا به بیمارستان حضرت علی اصغر (ع) انتقال یافت. بخش پوست دارای 30 تخت برای بیماران بستری و سه اتاق كوچك در بیمارستان خورشید جهت بیماران سرپایی و یك اتاق كوچك جهت بیوپسی و یك اتاق كوچك جهت جراحی با دو عضو هیأت‌علمی ( دانشیار و استادیار) اداره می‌گردید.
در سال‌های بعد بخش پوست توسط وزارت علوم و آموزش عالی ارزیابی و تایید قرار گرفت و دارای رزیدنت گردید و از سال 1369 رسماً به صورت یك گروه در آمد و یك درمانگاه در بیمارستان خورشید و چند اتاق و یك اتاق جراحی كوچك به آن اختصاص داده شد.
گروه پوست هم اكنون یكی از گروههای فعال دانشكده پزشكی است كه علاوه بر تدریس دانشجویان و كارورزان و رزیدنت‌های گروه پوست، سرویس‌های مشاوره به سایر گروه‌ها و سرویس‌دهی مناسب به بیماران و نیز تدریس دروس پوست در سایر دانشكده‌ها از جمله پرستاری و داروسازی را بر عهده دارد.
گروه جراحی مغز و اعصاب
گروه جراحی اعصاب از سال 1368 استقلال خود را بدست آورد و در دانشگاه علوم پزشكی اصفهان سابقه 27 ساله دارد كه به خصوص از سال 1361 به بعد زمینه‌های فعالیت خود را در هر سال افزایش داده است به گونه ای كه تا سال 1371 دوازده نفر دستیار از این گروه فارغ‌التحصیل گشته اند و بعضاً بهترین امتیازات را در كل كشور كسب كرده‌اند. در حال حاضر سرویس‌دهی به تمام بیماران جراحی اعصاب استان اصفهان و استان‌های مجاور بخصوص در امر تروما بعهده این گروه بوده و با یك بخش جراحی اعصاب بخش ویژه و سه ICU در خدمت بیماران است.
گروه گوش و حلق و بینی و جراحی سر و گردن
این گروه در ابتدا جزء گروه جراحی و شاخه ای از آن بود. در اواخر سال‌های 55-54 این گروه از گروه جراحی تفكیك شده و به نام گروه گوش و حلق و بینی و چشم مدنی به كار خود ادامه می‌داد تا این كه در تاریخ 1368 این گروه از چشم جدا و بنام گروه گوش و حلق و بینی به طور مستقل به فعالیت خود ادامه می‌دهد.
گروه جراحی
گروه جراحی از سال 1342 با مدیریت شادروان دكتر حكمی شروع به كار كرد و یكی از قدیمی‌ترین گروههای دانشكده پزشكی است. در ابتدا با گروههای جراحی اعصاب، ارولوژی، ارتوپدی، چشم، گوش و حلق و بینی و زنان و مامایی مشترك بود. از سال 1343 فعالیت گروه به طور مستقل شروع شد. در سال 1369 گروههای ارتوپدی و ارولوژی و جراحی اعصاب از این گروه جدا شدند.
گروه داخلی اعصاب
گروه داخلی اعصاب از سال 1337 فعالیت مشخص و مجزا داشته است ولی از نظر گروهی تا سال 1365 زیر نظر گروه داخلی بوده و سپس از آن جدا شده است. گروه داخلی اعصاب در امر آموزش و درمان و پژوهش در مورد پاتولوژی دستگاه عصبی و عضلات بدن فعالیت می‌نماید.
گروه چشم
گروه چشم وابسته به دانشكده پزشكی است كه در ابتدا جزیی از گروه جراحی بود كه بعدها همراه با گروه گوش و حلق و بینی از گروه جراحی جدا شده و اخیرا به عنوان یك گروه آموزشی و درمانی مستقل به فعالیت خود ادامه می‌دهد. این گروه آموزش تئوری و عملی دانشجویان پزشكی، پرستاری، كارورزان و دستیاران تخصص را بر عهده دارد. این گروه علاوه بر وظیفه آموزشی بعنوان یك بخش تخصص پاسخگوی نیازهای درمانی بی‌شمار هر روزه است. خدمات و فعالیتهای آموزشی این گروه در دو مركز بیمارستانی فیض و فارابی انجام می‌شود.
گروه اطفال
گروه اطفال در سال 1325 از بخش داخلی جدا شد و با مدیریت آقای دكتر سرلتی و معاونت دكتر ایرج حق‌شناس مستقلا ً شروع به كار كرد. در فروردین 1329 تدریس بیماریهای كودكان در آموزشگاه بهداری اصفهان شروع شد و بخش اطفال بطور مستقل با با شش تخت در طبقه تحتانی ساختمان قدیمی بیمارستان خورشید دائرگردید. در مهرماه 1332 بخش اطفال به بیمارستان امین منتقل شد كه در آن زمان جزء وزارت بهداری بود و سپس در سال بعد در بیمارستان كاشانی كه وابسته به دانشكده پزشكی اصفهان بود با 20 تخت به كار خود ادامه داد. تا سال 1335 بخش آموزشگاه و درمانگاه در هم ادغام شدند و تا سال 42 تعداد تختها به 30 عدد رسید. از سال 1348 به بعد كه بیمارستان فیض به دانشكده پزشكی اختصاص یافت 25 تخت از آن بیمارستان نیز زیر نظر بخش اطفال قرار گرفت. در هنگام تغییر وضع آموزشی دانشگاهی و تعیین گروههای آموزشی بخش اطفال با بخش داخلی ادغام شد كه تا سال 1355 به وضع ادام كار داد تا اینكه بصورت گروه مستقلی در آمد.
گروه رادیولوژی
گروه رادیولوژی یكی از چندین گروه بالینی دانشكده پزشكی اصفهان است. از سال 1350 همراه با گروه داخلی با مدیریت دكتر عباسعلی موحدیان تشكیل شد. در سال 1355 از گروه داخلی جدا شد و به طور مستقل مسوولیت خود را با مدیریت دكتر كرامتی ادامه داد. همگام با پیشرفت علم پزشكی علم رادیولوژی نیز دچار تغییر و تحول بنیادینی شد. پرتوشناسی امروزه دارای تقسیم‌بندی‌هایی از جمله : رادیولوژی تشخیصی، سی تی اسكن، ام آر آی، پزشكی هسته‌ای و رادیوتراپی است. با این كه این گروه نسبت به سایر گروه‌ها هیأت‌علمی اندكی دارد اما مفتخر است كه در گردهمایی‌ها و سمپوزیوم‌ها با ارائه مقالات تخصصی و همچنین آموزش دستیاران ، دانشجویان پزشكی و تشكیل دوره‌های بازآموزی و به علاوه با بحث و مشاوره با اساتید و دستیاران گروههای مختلف پزشكی و سرویس‌دهی به سایر گروههای پزشكی توانسته نقشی را در آموزش و درمان ایفا كند.
گروه داخلی
گروه داخلی یكی از قدیمی‌ترین گروههای بالینی دانشكده پزشكی است كه از سال 1342 فعالیت خود را آغاز كرده و در سال 1346 با مدیریت دكتر ابوتراب نفیسی به كار خود ادامه داده است. این گروه در ابتدا با گروههای دیگری از جمله اطفال، رادیولوژی، اعصاب، روانپزشكی و پوست مشترك بود و به تدریج این رشته‌ها از آن جدا شدند و هر یك به طور مستقل تشكیل گروه دادند.
گروه بیهوشی
گروه بیهوشی یكی از چند گروه بالینی دانشكده پزشكی اصفهان است كه در سال 1356 از گروه جراحی جدا و با انتخابات انجام شده تحت مدیریت دكتر محمود رحیمی آغاز بكار كرد. گروه بیهوشی یكی از گروههای آموزشی فعالی است كه در تمام مراكز بیمارستانی مجهز به اتاق عمل و بخش مراقبت‌های ویژه وجود داشته و علاوه بر انجام مراقبت‌های بیهوشی و مدیریت بخش ICU و انجام اعمال احیا، مسوول مراقبت‌های تنفسی و تنظیم آب و الكترولیت و اسید و باز نیز است. تربیت متخصصین بیهوشی از فعالیتهای عمده این گروه است كه از سال 1348 آغاز شده است و هم اكنون ادامه دارد. این گروه به آموزش متخصصین بیهوشی، دانشجویان و كارورزان پزشكی و برگزاری سمپوزیوم‌ها و شركت در كنفرانس‌ها و برگزاری دوره‌های آموزشی بیهوشی اشتغال دارد.
گروه ارتوپدی
بخش ارتوپدی از سال 1359 با حضور دو متخصص ارتوپد و 4 رزیدنت مشغول به كار شد ولی هیچگونه فارغ التحصیلی نداشت. در سال 1361 اولین نفر از دانشگاه علوم پزشكی اصفهان فارغ‌التحصیل شد و تا كنون این رشته هرساله تعدادی فارغ‌التحصیل داشته است. گروه ارتوپدی قبلاً زیر نظر گروه جراحی و در قالب بخش ارتوپدی به كار مشغول بوده كه عمدتا در قالب تروماتوژی مشغول بوده و در سال 1361 گسترش حاصل نموده و بخش ارتوپدی بیمارستان امین دائر و شروع به كار كرده است. این بخش هم اكنون در بیمارستان‌های عیسی بن مریم، الزهرا و كاشانی فعال و مشغول به كار است. از سال 1369 این گروه از گروه جراحی جدا و به صورت گروه ارتوپدی درآمده است.
گروه زنان و مامایی
این گروه كه در ابتدا با گروه جراحی مشترك بود در سال 1355 فعالیت مستقل خود را به مدیریت دكتر اسماعیل اكبری آغاز كرد. این گروه به تربیت و آموزش دانشجویان پزشكی، كارورزان و دستیاران تخصصی اشتغال دارد. كلیه اعضای این گروه با شركت فعال در كنگره‌ها و ارائه مقالات تخصص و تشكیل دوره‌های بازآموزی و به علاوه بحث با سایر اساتید و دستیاران رشته‌های مختلف پزشكی اشتغال دارند. این گروه در بیمارستان‌های الزهرا، امین و شهید بهشتی فعالیت دارد. قسمت‌های مختلف در این بیمارستان‌ها شامل اتاق‌های زایمان، اتاق زایمان‌های پر خطر، اورژانس زنان، درمانگاه، مراقبت‌های قبل و بعد از زایمان ودرمانگاه اختصاصی ناباروری، واحد سونوگرافی و. . . هستند.
گروه بهداشت و پزشكی اجتماعی
گروه بهداشت و پزشكی اجتماعی وظیفه تربیت نیروهایی را بر عهده دارد كه سرپرست و مدیر خدمات بهداشتی و درمانی هستند و این مسؤولیت را در قالب وظایفی مثل طبابت، مدیریت، سرپرستی مراكز بهداشتی، شبكه‌ها، ریاست مركز بهداشت استان و همچنین عضویت در هیأت‌علمی گروههای آموزشی مربوط به پزشكی اجتماعی را به انجام می‌رسانند. در ضمن این گروه مسوول آموزش و تربیت دانشجویان پزشكی و كارورزان است. از سال 1365 كه مفاهیم جامعه‌نگری در آموزش پزشكی در وزارت بهداشت و درمان و آموزش پزشكی مطرح گردید ابتدا به صورت شورای برنامه آموزش پزشكی جامعه‌نگرشروع به كار و اعزام كوتاه مدت دانشجویان در گروههای زنان، كودكان داخلی و عفونی به مراكز بهداشت شهرستان‌ها نمود که به تدریج جنبه رسمی به خود گرفت. سپس به صورت دو واحد درسی به تصویب رسید و سایر دانشجویان رشته‌های گروه پزشكی مثل پرستاری را نیز در بر گرفت. این گروه پس از پیگیری‌های مكرر در سال 1370 توانست به عنوان گروهی مستقل فعالیت خود را با اعزام دانشجویان و كارورزان به فیلدها ادامه دهد.
گروه روانپزشكی
این گروه در سال 1357 تشكیل شد. امروزه روانپزشكی از جایگاه ویژه ای در دانشكده‌های پزشكی برخوردار است به طوری كه در آمریكا تنها بخشی است كه در 4 سال متوالی دوره بالینی تدریس می‌شود. گروه روانپزشكی با داشتن اعضای هیأت‌علمی اندك افتخار دارد كه در سطح كشور در امتحانات بورد درخشیده است. گروه روانپزشكی علاوه بر آموزش دانشجویان پزشكی، دندانپزشكی، پرستاری، داروسازی و بهداشت خود را در حصار بیمارستان محدود نكرده و از طریق ایجاد مراكز مشاوره و بهداشت روانی اصفهان ( اولین مركز كشور) و شروع طرح بهداشت روانی شهرضا ( نخستین طرح كشور) برای خود و جامعه پزشكی افتخار كسب نموده است. اجرای ده‌ها طرح پژوهشی و ممتاز شناخته شدن آنها در جشنواره خوارزمی از دیگر فعالیتهای این گروه است.
گروه طب فیزیكی و توانبخشی
طب فیزیكی و توانبخشی (Physical Medicine and Rehabilitation) یكی از رشته‌های نسبتاً جدید تخصصی طب بالینی است كه در سه زمینه تشخیص، درمان و پیشگیری از بیماریهای عمدتاً عضلانی – استخوانی و اعصاب مركزی و محیطی نقش دارد. در حیطه طب فیزیكی از روش‌های غیر دارویی و غیرجراحی برای درمان بیماریهای ذكر شده بهره می‌گیرد و در حیطه توانبخشی به ارزیابی، تشخیص، درمان، پیشگیری و ارائه روش‌های بازتوانی جهت افراد دارای ناتوانی و معلولیت فیزیكی و شناختی در تمام سنین می‌پردازد و از این طریق، تلاش در جهت بهبود كیفیت زندگی و ایجاد حداكثر استقلال در زندگی بیماران سرلوحه خدمات ارائه شده در این حیطه پزشكی است. گروه طب فیزیكی و توانبخشی به عنوان یكی از گروههای بالینی دانشكده پزشكی اصفهان در سال 1386 با مدیریت آقای دكتر سعید خسروی تأسیس و از سال 1387 به پذیرش و آموزش دستیاران تخصصی در این رشته اهتمام داشته است.