دانشکده داروسازی اصفهان در سال تحصیلی ۱۳۳۵-۱۳۳۴ بنابر اجازه رسمی وزارت فرهنگ تأسیس گردید و در ابتدا به صورت مشترک با دانشکده پزشکی و به ریاست جناب آقای دکتر حسین‌قلی اوژند اداره می‌شد. در تابستان سال ۱۳۳۵ پس از تهیه مقدمات و تجهیزات لازم اقدام به پذیرش دانشجو کرد که پس از برگزاری مسابقه ورودی تعداد ۱۵ نفر برای تحصیل انتخاب شدند که دو نفر از آنها انصراف و یا تغییر رشته دادند. سر انجام اولین جلسه درس دانشکده داروسازی اصفهان در ساعت ۲ بعدازظهر روز ۱۶ دی ۱۳۳۴ تشکیل شد.
پس از سخنرانی آقای دکتر اوژند رئیس دانشکده پزشکی و داروسازی جناب دکتر فضل‌الله حکمتیار اولین تدریس دانشکده را در زمینه شیمی تجزیه انجام داد. برنامه تحصیل رشته داروسازی در آن زمان مطابق برنامه دانشکده داروسازی تهران اجرا می‌شد. دوره تحصیل برای دریافت درجه دکتری داروسازی حداقل ۵ و حداکثر ۷ سال بود و دانشجویان این رشته در مدت ۴ سال دروس نظری و عملی را در دانشکده و کارآموزی خود را در داروخانه‌های سطح شهر فرا می‌گرفتند و از نیمه دوم سال چهارم مجاز بودند که در صورت موفقیت در گذراندن دروس ارائه شده تحت راهنمایی یکی از اعضای هیأت‌علمی آموزشی دانشکده موضوع پایان نامه خود را انتخاب کنند.
در سال ۱۳۳۷ پس از تلاش های پیگیر و مستمر اعضای هیأت‌علمی و دانشجویان دانشکده و با موافقت وزارت فرهنگ، دانشکده داروسازی از دانشکده پزشکی منفک و به صورت یک واحد آموزشی مستقل به کار خود ادامه داد. در این زمان بنابر گشایش دانشکده ادبیات و علوم انسانی، دانشگاه اصفهان نیز رسمیت یافت. لازم به ذکر است که در آن زمان وجود حداقل سه دانشکده برای رسمیت یافتن یک دانشگاه ضروری بود.
مسؤولیت اداره دانشکده داروسازی در این زمان یه آقای دکتر عبدالباقی نواب و معاونت آن به دکتر حکمتیار واگذار شد. با توجه به همکاری‌های قبلی بین دانشکده داروسازی اصفهان و تهران طی حکمی از طرف وزیر فرهنگ، آقای دکتر مهدی نامدار استاد دانشگاه تهران در اواخر آذر ماه سال ۱۳۳۷ به سرپرستی دانشکده داروسازی اصفهان منصوب گردید تا در انجام امور با آقای دکتر نواب همکاری کند.
در تیر ماه سال ۱۳۴۰ وزیر فرهنگ طی حکمی به دانشگاه اصفهان به علت کمبود بودجه و برخی مسائل دیگر دستور ادغام مجدد این دو دانشکده را صادر کرد و آقای دکتر حسین قلی اوژند را به ریاست آن منسوب کرد. در این زمان معاونت هر دو دانشکده را آقای دکتر حسین انواری بر عهده داشت.
از سال تحصیلی ۴۲-۱۳۴۱ به مدت حدود سه سال دانشکده داروسازی به دلیل کمبود اساتید متخصص و امکانات و تجهیزات کافی بنا به دستور وزیر فرهنگ دانشجو نپذیرفت و دانشجویان ادامه تحصیل خود را در دانشکده داروسازی تهران ادامه دادند. سرانجام در آبان سال ۱۳۴۴ طی تلگرافی از سوی دبیر کل شورای مرکزی دانشگاه های کشور برقراری مجدد دوره داروسازی مورد موافقت قرار گرفت. بدین ترتیب نام دانشکده پزشکی به دانشکده پزشکی و داروسازی تغییر نام داد و جناب دکتر حکمتیار یه سمت ریاست فنی دانشکده داروسازی منصوب گردید.
در سال ۱۳۴۶ طی حکمی از شورای مرکزی دانشگاه، دانشکده داروسازی از دانشکده پزشکی جدا شد و به نام دانشکده علوم دارویی تغییر نام داد. در این زمان سرپرستی دانشکده علوم دارویی به آقای دکتر ابوتراب نفیسی واگذار شد که با حفظ سمت استادی و ریاست دانشکده پزشکی، دانشکده علوم دارویی را نیز اداره می‌نمودند. در همین زمان بود که با همت جناب آقای دکتر عباس ادیب، طرح ساختمان فعلی دانشکده پزشکی ریخته شد و نقشه‌های مربوط به آن از تصویب گذشت.
در سال تحصیلی ۴۸-۱۳۴۷ دانشکده داروسازی اهواز منحل شد و دانشجویان آن به دانشکده داروسازی اصفهان منتقل شدند. این افراد که حدود ۵۰ نفر بودند همراه با سایر دانشجویان دانشکده به تدریج فارغ‌التحصیل شدند. در سال تحصیلی ۵۲-۱۳۵۱ به دنبال فعالیت‌های پیگیر و مداوم دانشجویان و مسؤولین وقت دوره ۴ ساله لیسانس علوم دارویی به دوره ۶ ساله دکتری داروسازی تبدیل شد. در این سال نیز نام دانشکده به دانشکده داروسازی و علوم دارویی تغییر نام داد. در سال ۱۳۵۲ به همت مسؤولین دانشکده و گروه بیوشیمی، پذیرش دانشجو در رشته .M.Sc بیوشیمی به عنوان اولین دوره تحصیلات تکمیلی دانشکده و دانشگاه آغاز شد.
به دنبال برگزاری موفقیت آمیز چندین همایش علمی - بین‌المللی در دانشکده در دهه ۵۰، تصمیماتی برای تشکیل اولین کنگره علوم دارویی ایران در دانشکده داروسازی و علوم دارویی اصفهان گرفته شد. در مهر ماه سال ۱۳۵۴ کمیته اولیه‌ای جهت بررسی شرایط و اقدامات اولیه برگزاری کنگره به عضویت آقایان دکتر محمد سوزنگر، دکتر حسین ضیاء، دکتر حسن امامی، دکتر تقی قفقازی و مهندس ایرج جوادی و به ریاست جناب دکتر علی وزیری تشکیل گردید. سپس تصمیم گرفته شد برنامه نهایی این کنگره طی جلسه‌ای که در آن رؤسای سایر دانشکده‌های داروسازی کشور حضور دارند به تصویب برسد. این جلسه در بهمن همان سال بر‌گزار گردید و قرار شد که در روزهای ۵ الی ۱۳ اسفند سال ۱۳۵۵ این کنگره بر‌گزار شود. دبیری کنگره در همان جلسه بر عهده جناب دکتر علی وزیری گذاشته شد. این کنگره در نهایت بر‌گزار شد و بیش از ۲۰۰ نفر از محققین و دانشمندان کشورهای انگلستان، آلمان، اتریش، اسپانیا، نیوزلند، مصر، سودان، پاکستان، عراق و ایران شرکت کردند.
پس از شروع جنگ تحمیلی عراق علیه ایران، دانشکده داروسازی و علوم دارویی اصفهان نقش بارزی در این مرحله نیز ایفا نمود. اعزام‌های متعدد اساتید و دانشجویان به جبهه‌های نبرد، نقش بارز گروه‌های مختلف دانشکده بالاخص گروه مواد دارویی در تهیه برخی داروهای مورد نیاز نظیر داروهای مسکن و ساخت، طراحی و تأمین باند، گاز و گاز وازلین استریل در دانشکده از این موراد است. تعدادی از فارغ‌التحصیلان و دانشجویان دانشکده در این زمان در جبهه های مختلف به درجه رفیع شهادت نایل آمدند. شهید دکتر فقیهی، شهید عبدالعلی منتشر، شهید علیرضا ولیان، شهید سیدحسین هدایتی، شهید علیرضا پورمحمدی، شهید حسینعلی سمندری و شهید قاسم مختاری از جلمه این افراد هستند.
گروه های آموزشی
گروه فارماکولوژی و سم‌شناسی
تدریس فارماکولوژی در دانشکده پزشکی و داروسازی از سال ۱۳۳۰ آغاز گردید. سپس گروه فارماکولوژی و فیزیولوژی تشکیل شد تا این که در اواخر سال ۱۳۶۵ گروه فارماکولوژی از فیزیولوژِی مجزا شد و به شکل گروه مستقلی درآمد. این گروه در سال ۱۳۷۵ از دانشکده پزشکی به دانشکده داروسازی منتقل شد. این گروه از سال ۱۳۶۳ در مقطع دکتری دانشجو می‌پذیرد.
گروه فارماسیوتیکس
این گروه از سال ۱۳۴۶ و با نام گروه مواد دارویی فعالیت خود را در دانشکده آغاز نمود. گروه فارماسیوتیکس یا داروسازی صنعتی از سال ۱۳۶۸ در مقطع دکتری دانشجو می‌پذیرد.
گروه فارماکوگنوزی
گروه فارماکوگنوزی فعالیت‌های خود را از سال ۱۳۵۱ شروع نمود و در سال ۱۳۷۰ به صورت رسمی از گروه مواد دارویی منفک گردید. این گروه از سال ۱۳۶۸ در مقطع دکتری دانشجو می‌پذیرد.
گروه شیمی دارویی
این گروه فعالیت‌های خود را در زمینه آموزشی و پزوهشی یه شکل امروزی عملاً از سال ۱۳۴۹ و تحت عنوان گروه داروهای شیمیایی و زهرشناسی آغاز نمود. این گروه از سال ۱۳۶۸ در مقطع دکتری دانشجو می‌پذیرد.
گروه بیوشیمی
تدریس دروس بیوشیمی از بدو تأسیس دانشکده پزشکی و داروسازی توسط اساتید این گروه انجام می‌شد تا این که در سال ۱۳۴۶ این گروه تحت عنوان گروه بیوشیمی و تغذیه در دانشکده داروسازی رسماً موجودیت یافت. در سال ۱۳۵۲ پذیرش دانشجو در رشته .M.Sc بیوشیمی به عنوان اولین دوره تحصیلات تکمیلی دانشکده و دانشگاه آغاز شد و از سال ۱۳۶۸ نیز در مقطع دکتری دانشجو می‌پذیرد.
گروه داروسازی بالینی و خدمات دارویی
این گروه فعالیت‌های آموزشی و پژوهشی خود را به صورت رسمی از سال ۱۳۸۲ آغاز نمود.
.
گروه بیوتکنولوژی دارویی
این گروه فعالیت‌های آموزشی و پژوهشی خود را به صورت رسمی از سال ۱۳۸۲ آغاز نمود.
امکانات دانشکده
مجله علمیRPS
مجله RPS یا Research in Pharmaceutical Sciences مقالات با کیفیت بالا به زبان انگلیسی در تمام زمینه‌های داروسازی و علوم دارویی شامل شیمی دارویی، مدل‌سازی مولکولی، فارماکوکینتیک و فارماکودینامیک، دارورسانی، فارماکوگنوزی، ارزیابی داروهای گیاهی، فارماکوتراپی و مراقبت‌های دارویی، داروسازی در اجتماع و فارماکواپید میولوژی، فارماکولوژی، بیوشیمی آنالیتیکی و... را به چاپ می‌رساند.
مجله RPS توسط دانشکده داروسازی اصفهان در دو مجلد در سال منتشر می‌گردد. این مجله در Elsevier Bibliographic Databases نمایه شده است. این Database شامل Scopus, EMBASE EMCare, Compendex, GEOBASE, EMBiology, Elsevier BIOBASE, FLUIDEX, World Textiles and Mosby Yearbooks و... است.
کتابخانه
کتابخانه دانشکده داروسازی و علوم دارویی دانشگاه علوم پزشکی اصفهان از سال ۱۳۴۸ فعالیت خود را آغاز نموده و از سال ۱۳۷۵ به محل فعلی انتقال یافت هم اکنون کتابخانه با ساختمانی به مساحت ۱۰۰۰ متر مربع در چهار طبقه ابتدای درب ورودی دانشکده قرار دارد. کتابخانه دانشکده داروسازی زیر مجموعه معاونت پژوهشی دانشکده داروسازی است.
مرکز تحقیقات علوم دارویی اصفهان
مرکز تحقیقات علوم دارویی اصفهان در اواخر سال ۱۳۸۱ مجوز تأسیس را از وزارت بهداشت، درمان و آموزش پزشکی اخذ نمود. در حال حاضر این مرکز در فضای داخلی دانشکده قرار دارد. مرکز تحقیقات علوم دارویی از پنج گروه آموزشی زیر تشکیل شده است:
1. بیوانفورماتیک ۲. بیوتکنولوژی دارویی ۳. خدمات و مراقبت‌های داروسازی ۴. فراورده‌های خوراکی غذایی ۵. نانو تکنولوژی 6. باغ گیاهان دارویی 7. داروخانه مدل