در اواخر دوره قاجار و اوایل دوره پهلوی، پزشکان اروپایی همراه با گروه‌های مذهبی برای ساخت بیمارستان و تبلیغ مذهبی به ایران آمدند. دکتر هورنل (Hoernele) از پزشکان مذهبی اسکاتلند در سال 1258 خورشیدی به ایران آمد و سازمان هیأت پزشکی (Medical Misson) را در ایران بنیاد نهاد و نخستین بیمارستان این سازمان در جلفای اصفهان تأسیس شد. پس از بازگشت هورنل به اسکاتلند، این بیمارستان به مدت سه سال بی‌سرپرست بود، تا این که دکتر دونالد کار (Dr. Donald Carr) در سال 1273 خورشیدی به ایران آمد و به دستور وی و با همکاری دوشیزه مری برد(Miss Mary Bird) دو درمانگاه در اصفهان گشایش یافت اما فعالیت آنها با مخالفت مقامات محلی روبرو شد. سپس در محله جویباره اصفهان که برخی از ساکنان آن یهودی بودند، درمانگاه دیگری باز شد که آن هم به زودی تعطیل شد. تا آن که سرانجام دولت با فعالیت این مراکز موافقت کرد. در سال 1276 خورشیدی نخستین بیمارستان زنان در ایران به ریاست خانم دکتر املینا استوارت Emmelina Stuvart در اصفهان ایجاد شد.
دکتر کار نیز در سال 1281 خورشیدی خانه خود را در محله جلفای اصفهان به درمانگاه تبدیل کرد و سال بعد ( 1282 خورشیدی) با کمک دولت و افراد محلی اقدام به ساخت یک بیمارستان نمود که در آن زمان «بیمارستان مسیحی» و امروزه به نام «بیمارستان عیسی بن مریم» شناخته می‌شود. برای این منظور، فردی به نام امین‌الشریعه، زمین بیمارستان را واقع در محله مستهلک در مجاور خیابان شمس‌آبادی و نبش خیابان عباس‌آباد برای انگلیسی‌ها خریداری کرد و از آن زمان ساخت این بیمارستان به دست آنها آغاز شد که ساختمان آن شامل یک بخش مردان، یک سالن کوچک و یک آشپزخانه و رختشوی خانه ساده بود.
بیمارستان مسیحی، در سال 1284 خورشیدی با راه‌اندازی بخش زنان توسعه یافت. در آن زمان بیمارستان شامل دو ساختمان دو طبقه در ضلع شمالی، دو سالن و دو اتاق کوچک بود و بقیه زمین به محیط سبز اختصاص داشت. کل مساحت بیمارستان تقریبا 11 هزار مترمربع و زیر بنای آن 7500 متر مربع و بقیه فضای سبز و دو خانه بود که به تدریج در اثر طرح های توسعه بیمارستان و ساخت و سازهای بعدی به شکل امروزی در آمد. مردم اصفهان، این بیمارستان را «مریض‌خانه انگلیسی‌ها» یا «مُرسلین انگلیس» می‌نامیدند که پس از انقلاب 1357 به «بیمارستان عیسی بن مریم» تغییر نام یافت و در سال‌های اخیر بخش‌هایی بر آن افزوده شد.
در هنگام عملیات ساخت و ساز بیمارستان یک کلیسا و کمی پایین‌تر از آن یک ساختمان برای دایره اسقفی نیز ساخته شد و در سال 1287 خورشیدی (1909میلادی) احداث آن به پایان رسید و دایره اسقفی اداره آن را بر عهده گرفت. بر سردر قدیمی بیمارستان بر روی کاشی لاجوردی در زیر نقش صلیب، نام آن «بیمارستان مسیحی» و سال ساخت آن 1282 خورشیدی برابر با 1904 قید شده است. ساختمان «بیمارستان عیسی بن مریم» مربوط به اواخر دوران قاجار و اوایل دوره پهلوی در اصفهان، خیابان شمس‌آبادی، نبش خیابان عباس‌آباد، در تاریخ ۲۲ امردادماه ۱۳۸۴ خورشیدی با شمارهٔ ثبت ۱۳۱۱۴ در فهرست آثار ملی ایران به ثبت رسید.
نخستین پزشک این بیمارستان «دکتر کار» بود که به همراه «دکتر سرابل» و «دکتر شافتر» در این بیمارستان خدمت کردند. یکی از بهترین پزشکان این بیمارستان «دکتر ارﻳﻚ ﺑﻠﯿﻚ واﻳﻠﺪ بود. وی افزون بر این که رئیس بیمارستان بود اعمال جراحی را نیز انجام می‌داد. اگرچه این بیمارستان توسط مبلغین مسیحی اداره می‌شد اما دکتر وایلد موفق شده بود، پشتیبانی افراد خیرخواه غیرمسیحی را نیز برای انجام امور درمانی خیرخواهانه جلب نماید و این در آن زمان کار بزرگی بود.
برای نمونه به استناد یک وقف‌نامه، ﺣﺎج ﻣهدى ﺑﻨﺎن الشریعه، ﺳﻪ داﻧﮓ از ﺷﺶ داﻧﮓ ﻗﺮﻳﻪ ورﻧﺎﺗﺨﻮر ﺑﺎ ﺣﻖ شرب ﺗﺎﺑﻌﻪ از رودﺧﺎﻧﻪ زاﻳﻨﺪه‌رود و ﺗﻤﺎمی ﺷﺶ داﻧﮓ ﻗﻠﻌﻪ اﺧﺘﺼﺎﺻﻰ آن در دھﺴﺘﺎن آﺷﯿﺎن ﻟﻨﺠﺎن را وقف بیمارستان مسیحی اصفهان ( ﻣﻌﺮوف ﺑﻪ ﻣﺮﻳﺾ ﺧﺎﻧﻪ ﻣﺮﺳﻠﯿﻦ ) می‌کند تا عواید آن جهت "ﻣﺤﺘﺎجﺗﺮﻳﻦ ﻣﺮدم ﺑﯿﻤﺎرى ﻛﻪ ﺑﺮاى ﻣﻌﺎﻟﺠﻪ ﺑﯿﻤﺎرى ﺧﻮد در ﺑﯿﻤﺎرﺳﺘﺎن ﻣﺴﯿﺤﻰ اﺻﻔهان کوی شمس‌آباد بستری می گردند و مدیر ﻣﺴﺆول ﺑﯿﻤﺎرﺳﺘﺎن ﻧﺎﻣﺒﺮده، اﺣﺘﯿﺎج و ﺑﯿﻨﻮاﻳﻰ آﻧها را ﺗﺸﺨﯿﺺ ﻣﻰﻧﻤﺎﻳﺪ"، صرف شود.
در آن زمان این بیمارستان دارای بخش‌های کودکان ( 15 تخت) مامایی و زنان ( 16 تخت) خصوصی زنان و مردان (20 تخت) عمومی زنان و مردان ( 20 تخت) و چشم پزشکی (18 تخت) بود.
این بیمارستان توسط سه پزشک خارجی ( دو مرد و یک زن) و چند پزشک ایرانی و سه ماما در زایشگاه به صورت شبانه رزی اداره می‌شد. خدمات پاراکلینیکی مرکز، شامل رادیولوژی، فیزیوتراپی، آزمایشگاه و داروخانه مخصوص بیماران بستری بود.
آموزشگاه بهیاری و خوابگاه بیمارستان نیز هرساله تعداد هشت دختر و چهار پسر را جهت بهیاری با آزمون ورودی می‌پذیرفت. مسؤولان پرستاری به ترتیب خانم «میس میلرز» و «خانم برک» بودند. در آن زمان این بیمارستان به صورت خصوصی اداره می‌شد و وابسته با دانشگاه یا بهداری نبود.
سپس «دکتر فروغی» که دانش‌آموخته آلمان بود، بخش چشم‌پزشکی این بیمارستان را فعال نمود و همه اعمال جراحی چشم را در این بیمارستان برعهده گرفت. وی هر هفته جهت معاینه بیماران به روستاهای اطراف اصفهان از جمله ورنامخواست، مهیار و ... می‌رفت و اکیپ سیار بیمارستان اعم از پرستار و پزشک نیز او را همراهی می‌کردند. همه ساله چند نفر از نیروهای بیمارستان که فعالیت چشم‌گیری داشتند، از طرف بیمارستان بورسیه می‌شدند و برای آموزش دوره‌های علمی به خارج از کشور فرستاده می‌شدند تا پس از بازگشت به میهن بهتر بتوانند به مردم خدمت کنند.
درمانگان بیمارستان نیز همه روزه فعال بود و به پذیرش بیماران از همه اقشار جامعه به ویژه افراد بی‌بضاعت مشغول بود و در صورت نیاز آنها را به بخش‌های مختل بیمارستان انتقال می‌دادند و به افراد محروم از کمک هزینه درمانی نیز برخوردار می‌شدند.
