اولین مجله دانشگاه علوم پزشکی اصفهان، مجله دانشکده پزشکی است که حدود 30 سال پیش توسط دکتر شعله‌ور به صورت فصل‌نامه با موضوعات پزشکی در حد پزشکان عمومی تأسیس شد. بعد از آن مجله پژوهش در علوم پزشکی تأسیس شد که بیشتر موضوعات کلینیکال و بالینی و بعدها مسائل مربوط به آموزش پزشکی را در بر گرفت. مجله ابتدا به زبان فارسی و بعدها به زبان انگلیسی منتشر شد. تعداد مجلات علمی پژوهشی دانشگاه در حال حاضر 18 مجله است. در سال‌های اخیر به دلیل بحث اینترنشنال و امکان مقایسه‌های علمی که مهم‌ترین معیار انتخاب مجلات محل نمایه شدن علمی در سایت‌های معتبر و جهانی است توصیه بر مجلات انگلیسی زبان بوده است و در همین راستا از ناشران بین‌المللی نیز استفاده شده است. البته تمام اقدامات علمی از لحظه ورود دست‌نوشته، داوری و ... تا زمان انتشار توسط تیم سردبیری مجلات و در دانشگاه علوم پزشکی اصفهان انجام می‌شود. هدف اصلی مجلات حفظ کیفیت و اعتبار مجله است.
همچنین کارگاه‌های مجله های پزشکی برای حفظ و ارتقای اعتبار مجلات علمی پژوهشی، آشناسازی تیم سردبیری، تیم سردبیری و همه افرادی که با مجلات سرو کار دارند؛ با معیارهای بین‌المللی و شاخص‌های موجود، در سطح دانشگاه با استفاده از اساتید داخلی و مدعو برگزار شده است. 
در حال حاضر تمام مجلات انگلیسی زبان در اکثر نمایه‌های معتبر بین‌المللی نمایه می‌شوند و همه در IsI وجود دارند. و مجله GRMS به خاطر قدمت بالاتر Impact Factor هم دارد و سایر مجلات هم در این جهت تلاش می‌کنند. اکثر مجلات انگلیسی و حتی برخی از مجلات فارسی در Scopouse قرار دارد. همچنین تمام مجلات انگلیسی زبان در Pubmed نمایه هستند. 
وضعیت تمامی مجلات به صورت دوره‌ای از نظر به روز بودن و نمایه شدن به موقع، در دفتر امور مجلات بررسی می‌شوند. تمامی مجلات فارسی زبان در ISC (پایگاه داده‌های کشورهای اسلامی) نمایه می‌شوند. اکثر مجلات دانشگاه از نظر شاخص ALtemetris یا شاخص دگرسنجی رتبه بالایی دارند و تعداد 5 مجله رتبه اول کشور را در این خصوص دارند. 

منابع:

- مصاحبه خانم دکتر رویا کلیشادی - تیرماه 1400

-دفتر تاریخ چند رسانه ای دانشگاه علوم پزشکی اصفهان