در سال ۱۳۶۶ قطعه زمين به مساحت ۸۱۰۰ متر مربع در خيابان امام خميني(ره) توسط خيراندیش محترم مرحوم مصطفي سخاوت به منظور احداث بيمارستان امام حسين(ع) وقف نمودند. در سال ۱۳۶۷ با اهتمام خير بزرگوار حاج آقا کمال فقیه ایمانی و مساعدت خيرين نيكوكار پس از طي مراحل قانوني احداث ساختمان بيمارستان را آغاز نمودند. پس از تكميل بناي ساختمان و به صورت رسمي اين ساختمان جهت تكميل و تجهيز به دانشگاه علوم پزشكي اصفهان واگذار گرديد. در دي ماه ۱۳۸۹ براساس مصوبه هيات‌رئيسه دانشگاه، بيمارستان حضرت امام حسين(ع) به عنوان مركز آموزشي درماني كودكان حضرت امام حسين(ع) انتخاب گرديد و فعالیت خود را از ابتدای سال ۱۳۹۱ شروع و در۱۶ آذر ماه ۱۳۹۱ با حضور سركار خانم دكتر مرضيه وحيد دستجردي به صورت رسمي افتتاح گرديد.
مركز آموزشي درماني كودكان حضرت امام حسين (ع) در زمره ايمن‌ترين مراكز تخصصي و فوق تخصصي نوزادان و كودكان اصفهان و يكي از سه مركز تخصصي برتر كودكان كشور بوده و همچنين پيشتاز استفاده از فناوريهاي نوين در خدمات آموزشي و درماني در حيطه كودكان باشد.
امكانات درماني و پاراکلینیک بيمارستان عبارتند از:
- داروخانه شبانه‌روزی
- آزمایشگاه و پاتولوژی: بیوشمی – انگل‌شناسی- هماتولوژی – سیتولوژی – و....
- تصویرنگاری: رادیولوژی- سی تی اسکن- فلورسکوپی- سونوگرافي – C-ARM
- نوار مغز
-همودیالیز – دیالیز صفاقی – پلاسما فرزیس
درمانگاه ریه: اسپیرومتری – برونکوسکوپی فیبراپتیک
درمانگاه قلب: نوار قلب – تست ورزش- هولترمانيتورينگ – اكوكارديوگرافي.
درمانگاه گوارش: ویدئو آندوسکوپی ( گاسترسکوپی – کلونوسکوپی)
تجهیزات جراحی: لاپاراسکوپی – ویدئو برونکوسکوپی – جراحی میکروسکوپی و .....
کلینیک‌های فوق تخصصی داخلی و جراحی:
غدد – قلب – آسم و آلرژی – ریه – ایمنولوژی – کلیه عفونی – داخلی اعصاب
جراحی کودکان و نوزادان – جراحی اعصاب – ارتوپدی- جراحی پلاستیک و ترمیمی-گوش و حلق و بینی- اورولوژی
پرستاران این مرکز بر اساس رسالت حرفه‌ای خود اهتمام لازم را برای آموزش مراقبت‌های کودک به خانواده بیمار در مرکز و منزل به کار می‌گیرند و در زمینه آموزش شیردهی به بیماران مبتلا به شکاف لب و کام خدمات تخصصی ارائه می‌گردد.
بخش‌هاي فعال و تعداد تخت‌ها
- بخش کودکان ۱: فوق تخصصي اعصاب ، نفرولوژي ، ايمونولوژي ، آسم و آلرژي
- بخش کودکان ۲: فوق تخصصي غدد ، قلب ، ريه و گوارش
- بخش کودکان ۳: فوق تخصصي عفوني
- بخش کودکان ۴(دی کلینیک): بستری روزانه کودکان
- بخش PICU
- بخش NICU
- بخش جراحي نوزادان
- بخش جراحي کودکان
- بخش اورژانس
-بخش همودیالیز و دیالیز صفاقی
- بخش عمومی کودکان