در سال ۱۳۶۶ قطعه زمين به مساحت ۸۱۰۰ متر مربع در خيابان امام خميني(ره) توسط خيراندیش محترم مرحوم مصطفي سخاوت به منظور احداث بيمارستان امام حسين(ع) وقف نمودند. در سال ۱۳۶۷ با اهتمام خير بزرگوار حاج آقا کمال فقیه ایمانی و مساعدت خيرين نيكوكار پس از طي مراحل قانوني احداث ساختمان بيمارستان را آغاز نمودند. پس از تكميل بناي ساختمان و به صورت رسمي اين ساختمان جهت تكميل و تجهيز به دانشگاه علوم پزشكي اصفهان واگذار گرديد. در دي ماه ۱۳۸۹ براساس مصوبه هيات رئيسه دانشگاه، بيمارستان حضرت امام حسين(ع) به عنوان مركز آموزشي درماني كودكان حضرت امام حسين(ع) انتخاب گرديد و فعالیت خود را از ابتدای سال ۱۳۹۱ شروع و در۱۶ آذر ماه ۱۳۹۱ با حضور سركار خانم دكتر مرضيه وحيد دستجردي به صورت رسمي افتتاح گرديد.