در دوران جنگ تحمیلی شرایطی پیش آمد که دانشگاه‌ها دارای معاونتی بودند با عنوان معاونت امور جنگ. در اصفهان قبل از تشکیل این معاونت واحدی فعال بود به عنوان طرح یک ماهه اعزام پزشکان که این طرح مصوبه مجلس بود که در آن کلیه پزشکان اعم از عمومی و متخصص به مدت یک ماه به جبهه و مناطق جنگی اعزام می شدند. بر حسب نوع تخصص و اعلام نیازی که از طرف ستاد امداد درمان جنوب (اهواز) و ستاد امداد درمان غرب (کرمانشاه) هماهنگی می شد، همکاران متخصص و عمومی برنامه خودشان را اعلام می‌کردند و در سال یک ماه به جبهه اعزام می‌شدند و پزشکان داوطلب در بیمارستان‌های صحرایی انجام وظیفه می‌کردند و سایر رشته‌های غیر مرتبط با جنگ مثل اطفال، زنان، دندانپزشکی و .... در شهرهای مناطق جنگی در استان خوزستان، استان کرمانشاه و استان کردستان انجام وظیفه می‌کردند.

بيمارستان های صحرايي مراکزی امدادي- درماني بودند که به دلیل ضرورت رسیدگی به مجروحان جنگی ايجاد مي‌گردید و در آن به کارهاي اورژانسي، اقدامات فوري و انجام اعمال جراحي کوچک و بزرگ مجروحين و مصدومين پرداخته مي‌شد. اين بيمارستان‌ها داراي قسمت‌هاي مختلف باليني، اداري، پشتيباني و فرماندهي بودند. تا چند ماه اولیه آغاز جنگ تحميلي هنوز اقدامی برای ایجاد بیمارستان های صحرایی صورت نگرفته بود و مجروحين و مصدومين بعد از انجام اقدامات ابتدايي درماني در سنگر های اورژانس به عقب منتقل مي‌شدند.

از اقدامات مهم معاونت استان اصفهان بحث مدیریت و تجهیز بخش عمده ای از این بیمارستان‌های صحرایی بود. قاعدتاً سازمان جنگ در آن زمان توانایی تجهیز و اداره کردن بیمارستان‌ها را نداشت. بیمارستان‌های صحرایی استان پشتیبان داشتند و پشتیانی و تجهیز دو بیمارستان بزرگ صحرایی بیمارستان امام حسین (ع) و بیمارستان علی ابن ابیطالب (ع) همچنین بیمارستان فاطمه زهرا (س) توسط استان اصفهان اتفاق افتاد. ارسال تجهیزات پزشکی و مواد مصرفی و مدیریت این بیمارستان‌ها همه از اعضای هیأت های علمی و مدیران بیمارستانی داوطلب استان اصفهان بودند که در این قسمت همیاری می‌کردند.

از جمله کارهای دیگر معاونت جنگ بدنبال تجهیز و اعزام نیروهای پزشکی متخصص و انجام عملهای جراحی در بیمارستانهای صحرایی، اعزام بخش عمده ای از مجروحین جنگی، بعد از اقدامات اولیه ای که در بیمارستان‌های صحرایی برایشان انجام می‌شد، به بیمارستان‌های استان‌های پشتیبان بود. خود استان‌ها استان اصفهان پذیرای بسیاری از این مجروحین بود زیرا  نیروهای رزمنده اصفهان حضور بسیار چشمگیری در جبهه ها داشتند.