بیمارستان شهید آیت الله مدرس دارای فضایی به وسعت ۱۴ هکتار و زیربنای ۱۶۰۰۰ متر مربع است. این بیمارستان  قبلاً به عنوان کانون کارآموزی و نگهداری از افراد بی سرپرست فعالیت می کرد اما از بهمن سال ۱۳۵۸ ، بعد از خرابی بیمارستان روان پزشکی اصفهان ( بیمارستان کاوه ) با تغییر کاربری جهت بستری و نگهداری بیماران تخصصی روان پزشکی به بهداری سابق واگذار شد . ابتدا با پذیرش ۴۰ بیمار و افتتاح دو بخش زنان و دو بخش مردان شروع به کار کرد و سپس در سال ۱۳۶۴ تحت عنوان مرکز آمزشی و درمانی در زمینه روان پزشکی، به دانشگاه علوم پزشکی اصفهان واگذار شد. بخشهای این بیمارستان عبارتند از:

- درمانگاه اعصاب و روان ( روان پزشكی ) - درمانگاه كاردرمانی - درمانگاه عمومی - درمانگاه داخلی - موسیقی درمانی - درمانگاه دندان پزشكی - درمانگاه داخلی اعصاب ( نورولوژی ) - درمانگاه طب فیزیك و توان بخشی

- اورژانس روان پزشکی

- بخش های روان پزشكی - روان پزشكی 2 زنان - روان پزشكی 7 مردان - روان پزشكی 1 مردان - روان پزشكی 2 مردان - روان پزشكی 3 مردان - روان پزشكی 4 مردان - روان پزشكی 5 مردان - روان پزشكی 1 زنان - روان پزشكی ویژه ( 2 زنان ) - اورژانس روان پزشكی - روان پزشكی 6 مردان

اخیرا زیر ساخت های فاضلاب این بیمارستان جهت دفع فاصلاب بهداشتی بازسازی، و سیستم برق آن مرمت شده است. اورژانس این بیمارستان فعال‌سازی و اورژانس جدیدی نیز در حال ساخت است و دو بخش جدید هم به این بیمارستان اضافه گردیده است.