شرح زندگی دکتر ابوتراب نفیسی در واقع شرح تاریخ و مرحله گذار از طب سنتي قديم به پزشکی نوین و مدرن در ایران است و در دو دهه اول قرن بیستم میلادی این تغییر و تحولات در جامعه ابعاد گسترده تری می یابد. در اصفهان دکتر نفیسی یکی از چهار پزشکی است که دوره تحصیلات پزشکی مدرن را در تهران به اتمام رسانده و پس از گذراندن دوره شش ساله پزشکی از مدرسه طب به موطن اصلی خویش باز گشته است. وقتی که او برای تحصیل در مدرسه طب روانه تهران می شود تنها شانزده سال دارد و پس از شش سال تحصیل، جوانی بیست و دو ساله است که با عنوان «دکتر» به شهر پدری می آید. نفیسی در سال ۱۲۹۳ ه ش (۱۹۱۶م) در روستای پوده در جنوب غربی شهر اصفهان متولد می شود. در شش سالگی به همراه پدر و مادر و دو برادر کوچکترش به اصفهان مهاجرت می کند. در آنجا پدر نفیسی طبایت را رها و در جامعه پرتکاپوی آن روز اصفهان که به تازگی تجدد به آن راه یافته است شغل های متعدد و گوناگون می یابد.

نفیسی در اصفهان به دبستان و دبیرستان های مدرن که به تازگی تأسیس شده بود می رود، در عرض سه سال دوره تحصیل در دبستان را به اتمام می رساند و به سال ۱۳۰۲ هش در سن ده سالگی از دبستان «حكيم نظامی، فارغ التحصیل می شود. دروس دبیرستانی را در دبیرستان «مليه» که بعدا به دبیرستان اسعدیا تغییر نام می یابد، تحت نظارت معلمانی که برخی از خارج آمده و با اصلأ خارجی بودند (مانند غلام حسین زیرک زاده و مسیو لوپالیه از فرانسه) سپری می کند و در سال ۱۳۱۰ ه ش دیپلمه دبیرستان می شود، این هنگام درست زمانی است که فرستادن دیپلمه ها و دانشجویان به خارج جهت ادامه تحصیل آغاز شده بود. نفیسی هم جهت اعزام به خارج انتخاب می شود ولی آن طور که خود می گوید این پیشنهاد را رد می کند و به جای آن در مدرسه عالی طب که شامل پزشکی، دندانپزشکی و داروسازی است مشغول تحصیل علم طب میشود. مدرسه طب در سال ۱۳۳۷ ه ق از دل دارالفنون بیرون آمده و تا آن زمان چهار دوره دانشجویان پزشکی فارغ التحصیل به جامعه ارائه داده بود. در زمانی که نفیسی وارد مدرسه طب شد دوره پزشکی از 4 سال به 6 سال افزایش یافته بود.

دکتر نفیسی در تمام دوران تحصیل رتبه اول بود و به همین لحاظ، نشان درجه اول علمی را دریافت کرد. او در سال ۱۳۱۹ پس از پایان دوره پزشکی برای انجام خدمت وظیفه به اصفهان می آید. 6 ماه اول را به عنوان سرباز خدمت کرده سپس به عنوان پزشک با درجه ستوان سومی مشغول کار می شود. در این سال هاست که جنگ جهانی دوم نیز شروع می شود و خدمت نظام وظیفه از یک سال به دو سال افزایش می یابد. پس از پایان خدمت نظام وظیفه با بتول اخوت ازدواج می کند و حاصل این ازدواج ۱۰ فرزند است: 6 پسر و 4 دختر.

دکتر نفیسی در کنار کار در مطب، مدتی به عنوان مسؤول درمانگاه کازرونی که به تازگی تأسیس شده بود به کار می پردازد. صاحبان کارخانه های نساجی، تحت فشار مبارزات کارگری، جهت رفاه کارگران اقدام به تأسیس درمانگاه کرده و برای بررسی مشکلات بهداشتی و تندرستی آنان پزشکانی را به کار گمارده بودند.

مطب دکتر نفیسی در ابتدا عبارت از یک اتاق در محل خانه اجاره ای مسکونی او در محله احمد آباد است. سپس وقتی ازدواج کرده و صاحب فرزندانی می شود به خیابان شمس آبادی (شهناز سابق) نقل مکان می کند و در محل سکونتش در ساختمانی جدا از خانه، مطبی دایر می کند. پس از آن در کوی جهان نما ساكن شده و در همانجا مطبی باز می کند و در این مکان بیش از چهل و پنج سال به خدمت و انجام وظیفه در کاری می پردازد.

دکتر نفیسی از بنیانگذاران دانشکده پزشکی و داروسازی اصفهان و قبل از آن آموزشگاه عالی بهداری اصفهان است که امروز تبدیل به دو دانشگاه بزرگ علوم پزشکی و دانشگاه اصفهان شده است. دکتر نفیسی از سال ۱۳۳۶ ه ش به سمت استاد رشته بالینی داخلی و در کنار آن مدتی نیز به عنوان مدیر گروه داخلی و اطفال در دانشکده پزشکی اصفهان به کار مشغول بوده است. در سالهای ۱۹۵۲م و ۱۹۵۹م برای تکمیل تخصص خود چند بار به امریکا سفر کرده و در دانشگاه هاروارد رشته قلب شناسی را تکمیل کرده است.

از سال ۱۳۶۵ ه ش به مدت سه سال به ریاست دانشکده پزشکی و داروسازی اصفهان برگزیده میشود. در این مدت او نه تنها به گسترش کارهای علمی اش می پردازد، بلکه پیرامون نقطه نظرهای اجتماعی و دینی اش، سخنرانی هایی ایراد می کند که اکثر آنان به دعوت انجمن های اسلامی دانشکده های گوناگون ایران صورت می گیرد. برخی از این سخنرانی ها در مجلات متنوع دانشکده های پزشکی کشور منتشر شده اند.

می توان گفت سال های ۱۳۳۵ تا نیمه دهه ۱۳۶۰ ه ش از پربارترین دوران زندگی دکتر ابوتراب نفیسی است. او در این مدت از یک طرف به عنوان استاد پزشکی، دروس طب مدرن را آموزش می دهد و از طرف دیگر به عنوان یک محقق و حکیم اسلامی به تحقیق در مورد طب سنتی و طب گیاهی پرداخته و مباحثی را راجع به اسلام از دیدگاه پزشکی تدوین می کند. او همچنین به ریاست مؤسسه تحقیقات طب سنتی دانشگاه اصفهان نایل می شود و در بسیاری از کنگره های طب سنتی در داخل و خارج ایران شرکت و به کشورهای بسیاری سفر می کند. حاصل این سال های پربار تدوین بیش از ۱۹ کتاب و ۸۲ مقاله است که در اختیار عموم قرار دارند. در این نوشته ها سه موضوع اصلی مورد بحث و بررسی است:

 ۱- مقالاتی در مورد طب مدرن که به یاری آخرین پیشرفت های پزشکی غرب تدوین گردیده اند.

2- مردم شناسی طب سنتی و بومی و افکار و آداب مردم برای بیان دردها و امراض خویش از نقطه نظر پزشکی

۳- مقالاتی در تبیین جنبه های مختلف مذاهب مردم ایران از نظر پزشکی

او در سال ۱۳۹۰ از دانشگاه علوم پزشکی اصفهان بازنشسته می شود و بیشتر به امر طبابت در مطب اش با عیادت بیماران در خانه هاشان می پردازد. از سال ۱۳۶۹ به بعد به عنوان عضو برجسته و دایمی فرهنگستان علوم ایران منصوب می شود. در سال ۱۳۷۹ به علت کهولت سن از کار در مطب کناره گیری می کند. ده سال آخر عمر را با به سر بردن در میان افراد خانواده و دوستان نزدیک و پیاده روی در طبیعت و زمزمه آیات قران و اشعار دیوان حافظ سپری می سازد.

دکتر ابوتراب نفیسی، دوشنبه شب ۵ آذرماه ۱۳۸۹ هش در منزل شخصی خویش بدرود حیات گفته و پیکر او در آرامگاه باغ رضوان اصفهان، قطعه ۱۱ بلوک ۷، به خاک سپرده می شود.